лені на малюнку 1.2.2. p> З виразу (1.2.17) випливає, що
С = UB . (1.2.19)
Відновлюючи за скороченим набору ортогональних базисних спектрів початковий набір базисних спектрів КД, можемо написати:
, (1.2.20)
де - вихідні базисні спектри ( i = 1,., 16; k = 1,., 42), а-- п'ять "найбільш значущих" ортогональних базисних спектрів. Експерименти по відтворенню вихідних білкових спектрів за формулою (1.2.20) показують, що середньоквадратична помилка при цьому становить від 0.08 до 0.25, що є досить гарним показником.
Уявімо дані рентгеноструктурного аналізу для 16 базисних білків у вигляді матриці S розміром 168, яка містить величини відносного вмісту в кожному з білків восьми структурних елементів: спіральної структури, включаючи a - і 3 10 -спіралі, антипараллельной і паралельної b-структури, b-вигинів I, II, III типів, інших видів b-вигинів і залишилася ("невпорядкованою") структури.
Як можна припускати з того факту, що початковий набір базисних спектрів може бути повністю відновлено але основі лише п'яти спектрів ортогонального базисного набору, спектри КД білків в діапазоні від 178 до 260 нм містять в собі інформацію лише про п'ять незалежних типах вторинної структури. p> З точки зору незалежності спектрів КД в якості таких типів вторинної структури можуть бути прийняті комбінації звичайних типів вторинної структури (A-спіралі, b-структури і т.д.), відповідні п'яти "найбільш значущим" ортогональним базисним спектрами. p> Якщо для ортогональних базисних спектрів також ввести матрицю структурних даних D (168), то аналогічно формулі (1.2.19) можна записати
S = UD (1.2.21)
Як показує експеримент, структурна матриця S може бути повністю відновлена ​​на основі лише п'яти комбінацій елементів вторинної структури матриці D , що відповідають п'яти "найбільш значущим" ортогональним базисним спектрами. Таким чином, ці комбінації звичайних типів вторинної структури є (з точки зору незалежності спектрів КД) незалежними вторинними "Суперструктури":
Номер "супер-структури"
a, 3 10
b
- ВЇ
b
-
b-виг.
I
b-виг.
II
b-виг.
III
b-виг.
ін
Ост.
типи
1
1.77
0.30
0.20
0.16
0.07
0.12
0.14
1.06
2
0.56
-0.47
-0.06
-0.04
-0.07
-0.01
-0.09
-0.76
3
0.06
0.38
-0.12
0.01
0.02
0.01
0.01
-0.18
4
0.00
0.06
0.27
-0.04
-0.02
0.00
0.03
-0.06
5
-0.01
-0.01
0.02
0.16
0.02
0.05
0.00
-0.03
Отже, вісім розглядаються в даному методі стандартних структурних класів, взагалі кажучи, не є строго незалежними, так як всі вони також можуть бути описані за допомогою п'яти незалежних "суперструктур", описаних вище.
Для застосування даного методу до аналізу спектрів КД довільних білків необхідно, щоб аналізований спектр також бути знятий в діапазоні від 178 до 260 нм. Оскільки при його апроксимації базисними спектрами розглядається лише слабкий їх набір, то проблеми, пов'язаної з нестійкістю методу найменших квадратів, не виникає. Однак, очевидно, що прийнятні результати можливо отри...
