мати тільки в тому випадку, якщо структурні характеристики досліджуваного білка досить добре представлені серед базисних білків. Для встановлення достовірності отриманих результатів автори методу рекомендують використовувати метод найменших квадратів без обмежень на коефіцієнти розкладання (дивись умови (1.2.2)). При цьому великі за модулем негативні коефіцієнти або велике відхилення їх суми від одиниці свідчать про те, що метод в даному випадку непридатний. Детальніше про це критерії буде говоритися в наступному розділі.
Метод "вибору змінних" [7]. Про Бична метод найменших квадратів, використовуваний для представлення довільного спектру КД в вигляді лінійної комбінації базисних спектрів, має в порівнянні з іншими методами найбільшу гнучкість. Це проявляється в тому, що спектри базисних білків беруть участь в розкладанні в різній мірі залежно від характеру конкретного спектру. Однак, експерименти показують, що найкраще відтворення форми спектра НЕ завжди дає кращі результати. Більше того, метод найменших квадратів виявляється нестійким до експериментальної помилку, якщо число використовуваних в розкладанні базисних спектрів перевищує інформаційний зміст аналізованого спектру (для спектрів в діапазоні 178-260 нм воно приблизно дорівнює п'яти, а в діапазоні 190-260 нм - Чотирьом). p> Метод "регуляризації" [4] вирішує цю проблему за допомогою "Регуляризатора", який стабілізує систему, залишаючи їй при цьому значну гнучкість. Метод "ортогональних спектрів" [5,6] досягає стійкості методу найменших квадратів за рахунок використання тільки п'яти ортогональних базисних спектрів, побудованих на основі вихідного набору спектрів базисних білків. Однак, оскільки базисні спектри побудовані на основі фіксованого набору спектрів базисних білків, ступінь участі останніх при відтворенні аналізованого спектру також виявляється в деякій мірі фіксованого, а гнучкість методу - вкрай низькою.
Метод "вибору змінних", суть якого буде описана нижче, заснований на методі "ортогональних спектрів", але володіє значною гнучкістю, що досягається за рахунок використання при побудові ортогональних базисних спектрів різних наборів базисних білків, обираних за допомогою статистичної процедури "вибору змінних". Розглянемо зміст цієї процедури більш докладно. p> Передбачення вторинної структури білка з його спектру КД повинно задовольняти двом важливим умовам:
1. Величини вмісту в білку розглянутих структурних елементів не повинні бути негативними:.
2. Сумарний вміст у білку всіх розглянутих типів структур має бути дорівнює одиниці (100%):.
Друга умова є особливо важливим при аналізі конформаційних змін білка при денатурації або зв'язування будь-яких лігандів. У всіх методах, описаних вище, обидва ці умови вводяться безпосередньо в процедуру знаходження коефіцієнтів за допомогою методу найменших квадратів. Однак таке обмеження на коефіцієнти може вельми помітним чином спотворити результати цієї процедури.
Для подолання подібних недоліків автори аналізованого методу не користуються умовами (1) і (2) і допускають існування негативних коефіцієнтів і відхилення їх суми від одиниці. Поява подібних невідповідностей свідчить про неуспіх методу і може бути пояснено наявністю у деяких базисних білків таких структурних форм, вкладів яких в спектр досліджуваного білка не було виявлено. Для уникнення подібних ситуацій вводиться процедура "вибору змінних", яка по черзі виключає білки з вихідного базисного набору, а потім проводить обчислення з кожної з отриманих комбінацій базисних білків, використовуючи метод "ортогональних спектрів". Експерименти показали, що достовірність результатів значно підвищується в міру того, як сума коефіцієнтів наближається до одиниці. Підвищення точності аналізу було досягнуто навіть при аналізі спектрів в скороченому діапазоні (190-260 нм).
Оскільки заздалегідь не відомо, які з базисних білків містять елементи, які відсутні у досліджуваного білка, і спектри яких необхідно виключити з вихідного набору для поліпшення результатів, розглядаються всі можливі комбінації з вихідного набору 16 базисних спектрів. Ця процедура виконується в наступному порядку. Спочатку з вихідного набору виключаються по черзі по три базисних спектру на кожному кроці, а ортогональні базисні спектри будуються на основі залишилися 13 вихідних базисних спектрів. Порівняння результатів, отриманих для різних наборів з 13 базисних білків, виявляє один або два білки, які були причиною відхилень коефіцієнтів та їх суми від умов (1) і (2). Ці білки виключаються з вихідного набору, і процедура повторюється до тих пір, поки не будуть отримані задовільні результати.
Критеріями задовільного рішення, відповідного оптимальному набору базисних спектрів, є наступні умови:
1. Сума коефіцієнтів повинна знаходитися в діапазоні від 0.96 до 1.05 (або, принаймні, від 0.90 до 1.10).
2. Значення вмісту довільній структурної форми в досліджуваному біл...
