й ПЛР використовуються праймери повністю комплементарні адаптерам EcoRI і MseI, в результаті чого утворюється велика кількість продуктів ампліфікації між адаптерами EcoRI і MseI, які неможливо диференціювати з допомогою електрофорезу. Тому в другій ПЛР праймери з адаптерами EcoRI і MseI містять на 3 - наприкінці додаткові та некомплементарни адаптерам підстави (від 1 до 3) для селективної ампліфікації.
4. Поділ фрагментів ДНК проводять у поліакриламідному гелі з радіоктівность або з розходиться міткою.
Одержуваний фінгенрпрінт ДНК зазвичай високо поліморфа і як правило добре відтворюємо.
Властивості:
В· Поліморфізм AFLP вище, ніж RAPD і ISSR.
В· Цей метод дозволяє визначати генетичні зміни, викликані точковими мутаціями в сайтах рестрикції або в ділянках відпалу праймерів (присутність або відсутність продукту ампліфікації в спектрі) і невеликими вставками і (або ) делеціями всередині рестрикционного фрагмента (зміна розміру смуги в спектрі).
В· Молекулярно-генетичні маркери легко картуються на хромосомах.
ISSR - Inter Simple Sequence Repeat
При ISSR аналізі також як і в RAPD використовується один або кілька праймерів довжиною 15-24 нуклеотиду. Праймери комплементарні повторюваним ділянкам геному, таким як мікросателіти. Мікросателітної ДНК - ДНК з коротких тандемних повторів довжиною від 1 до 6 пар основ. Використовуються як молекулярні маркери у визначенні споріднення, приналежності до конкретної популяції, для дослідження гібридизації. Мікросателіти характеризуються високою швидкістю зміни послідовностей, зумовленої В«проковзуваннямВ» при реплікації ДНК і точковими мутаціями. p align="justify"> У даному випадку праймери складаються з тандемних коротких 2-4 нуклеотидних повторів і одного селективного нуклеотиду на 3 - наприкінці праймера. Таким чином, продукти ISSR - ампліфікації містять на флангах інвертовану мікросателітної послідовність праймера.
виявляти поліморфізм з використанням праймерів ISSR більш чітко відтворюємо, ніж у RAPD.
У геномах рослин і тварин кількість мікросателітних повторів дуже велике, що робить цей метод зручним для генетичного аналізу. Мікросателітної послідовності оточують багато генів і можуть використовуватися як якірні послідовності до цих генам. p align="justify"> Властивості:
В· Домінантний тип успадкування.
В· Відносно висока точність і поліпшена відтворюваність у порівнянні з RAPD у зв'язку з більшою довжиною праймера і більше исокім температурою відпалу.
